Ao olhar para os números de Cristiano Ronaldo, é difícil ficar impressionado com os de Morientes no Real Madrid, mas, o espanhol, hoje com 46 anos teve anos frutuosos de branco, tal como os teve ao serviço de Saragoça, Valência ou Mónaco. Depois de terminar a formação no Albacete, Fernando estreou-se como sénior no mesmo clube, fazendo 7 golos em 28 partidas. Seguiu-se o Saragoça onde fez parte de um onze ao lado de Belsué, Poyet ou Dani. Perdeu a Supertaça Europeia para o Ajax e chegou aos quartos da Taça UEFA, de onde foi eliminado pelo Deportivo. Marcou por 18 vezes, mais 2 do que na segunda época no clube.

Seguiram-se seis anos no Real Madrid, onde viveu os melhores anos da sua carreira. Marcou 100 vezes e ajudou a vencer três Ligas dos Campeões, uma Supertaça da UEFA, uma Taça Intercontinental, dois campeonatos espanhóis e três supertaças de Espanha. Na primeira época, ajudou a vencer a Supertaça de Espanha, ante do Barcelona, em duas mãos. Marcou 16 vezes e venceu a Liga dos Campeões. Jogou 82 minutos na final, um 1-0 à Juventus com golo de Mijatovic. No segundo ano, marcou 25 veze. Na terceira época em Madrid, 19 golos e mais uma Liga dos Campeões, após um 3-0 ao Valência. Foi seu o primeiro golo na final. Em 2001, foi enfim campeão espanhol, tendo feito apenas 10 golos em toda a época. Estaria em grande na época seguinte, fazendo 21 golos e vencendo mais uma Champions, desta vez ao Leverkusen. Venceu, igualmente, a Supertaça de Espanha, ao Saragoça. Na última época completa em Madrid, fez apenas 6 golos, mas foi campeão espanhol, vencedor da Supertaça da UEFA e da Intercontinental. Ainda fez um jogo em 2003-2004 mas deixou Madrid, ele que jogou com lendas como Casillas, Salgado, Roberto Carlos, Redondo, Zidane, Seedorf, Figo, Guti ou Raul.

Seguiu-se o Mónaco, onde nada venceu mas onde fez 22 golos com a camisola 10 e liderou uma equipa que incluía Evra, Zikos, Rothen, Giuly ou Prso. O Mónaco desse ano chegou à final da Liga dos Campeões, perdida para o FCP e Morientes, aos 28 anos, foi o melhor marcador da prova, com mais dois golos do que o colega Prso (4 dos seus 7 golos foram marcados no famoso 8-3 ao Depor). Regressou a Madrid para meia época e 3 golos antes de aceitar juntar-se ao Liverpool de Rafa Benitez. Depois de 3 golos, esteve melhor na segunda época e fez 9, vencendo a Supertaça da Europa (3-1 ao CSKA) e FA Cup, ao West Ham.

Com 31 anos, juntou-se ao Valência para três épocas. Na estreia, ao lado de Villa, Silva, Angulo, Abelda e Miguel, fez 19 golos. Nas duas outras épocas, fez mais 15. Venceu uma Taça do Rei, em 2008, marcando um dos golos na final (3-1 ao Getafe). Despediu-se com a camisola do Marselha, fazendo 1 golos em 19 jogos. Venceu a liga francesa e a Taça da Liga.

Por Espanha, 27 golos em 47 partidas. Esteve nos Mundiais de 1998 e 2002 e no Euro 2004.